Tarsus'un ismi kuruluşu hakkında gerek Yunan mitolojisinde gerekse eski yazarların anlatımlarında çeşitli bilgiler verilmektedir.Antik çağlarda, Tarsus Çayı'na Kilikya'mn yerli halkı KYDNOS adını vermiştir. KYDNOS mitolojide nehir tanrısına verilen isimdir. Azra Erhat'ın Mitoloji Sözlüğü kitabında Kydnos aşağıdaki gibi anlatılmaktadır: "KYDNOS: Kilikya'da bugün Tarsus Çayı diye anılan ırmağın tanrısı. Ana tarafından lapetos'un torunu sayılır. Kydnos'un Parthenios adlı bir oğlu varmış. Kydnos Innağı'nın denize döküldüğü yerde bir şehir kurup ona PARTHENİA adını vermişler. Bu şehir bugünkü Tarsus'tur. Eski Yunan mitolojisinin bir anlatımına göre, Pegasus (Kanatlı uçan at) ve Bellerofontes Kilikya Ovası'nda yolunu şaşırmış ve Tarsus'un bulunduğu yerde ayağı sakatlanmış olduğundan, şehre Yunanca "ayak tabanı" anlamına gelen TARSOS ismi verilmiştir.Bazılarına göre de şehir adını TERSEİN (kurutmak) kelimesinden aldı. Tufandan sonra sular çekilince ilk önce burası kurumuştu.Diğer bir Yunan efsanesine göre, şehrin kurucusu oîan Kilikya ilahı SANDON ile bir tuttukları HERAKLES'tir. Herakles'in resimleri M.Ö.4. yüzyıla ait Tarsus sikkeleri üzerinde bulunmaktadır. 1875 yılında Tarsus Eski Ömerli Mahallesi'nde bulunan, şu anda İstanbul Arkeoloji Müzesl'ndeki bronz Herakles heykeli bu tanrıya Tarsus'ta tapınıldığının bir kanıtıdır.